淡水生物学研究所は、優れた淡水研究施設を有効に活用しつつ、地域の自然及び生物資源を対象にして生態学・統計数理学を中心とした学際領域の教育、研究及び産学官連携研究プロジェクトを実施するとともに、全国・アジア地域の内水面資源・淡水生物学の研究ネットワーク拠点となることを目的としています。
上田市小牧に位置する淡水生物学研究所の施設は二つの研究棟を中心に、千曲川の河川水を取水する実験用の野外池、自然豊かな水路等の水辺の環境、井戸水による室内外実験飼育施設、大規模なウェットラボなどからなります。設備としては、次世代シーケンサー(NextSeq 550)など先端の研究機器を有しています。
上田市小牧に位置する淡水生物学研究所の施設は二つの研究棟を中心に、千曲川の河川水を取水する実験用の野外池、自然豊かな水路等の水辺の環境、井戸水による室内外実験飼育施設、大規模なウェットラボなどからなります。設備としては、次世代シーケンサー(NextSeq 550)など先端の研究機器を有しています。
淡水生物学研究所では、施設・設備を十分に活用し、(1)千曲川流域の自然を対象にした研究、(2)国際・全国研究教育ネットワーク拠点、(3)施設を利用した生物学の先端研究や増養殖技術の振興の3つを中心とした活動を特色として研究を進めています。現在のところ具体的には外部資金を中心に次のような活動しています：
・千曲川再生に向けた河川生態学的研究：
生態学・情報科学と河川工学等を組み合わせた学際的アプローチで淡水生物学研究所に所属する研究者と河川管理者が、千曲川流域をフィールドとした学官共同研究を行い、今後の河川の整備や管理の高度化・合理化及び河川環境の向上に貢献する（国土交通省、河川砂防技術研究開発地域課題）
・水産資源調査・評価推進事業 (ニホンウナギユニット)：
ウナギ資源の動向把握・絶滅リスク・池入れ管理について、数理モデルを枠組みの中心に、漁獲量・集団遺伝・衛星タグ回遊調査をデータとして、管理手法の開発と分析を行う（水産庁事業費）
・シベリアチョウザメの完全養殖とキャビア生産に関する近畿大学との共同研究：
長野大学淡水生物学研究所の研究所施設の豊富な飼育水を利用して自然に近い飼育環境の下で成熟促進等の研究に取り組む（運営費交付金）
・アユ種苗生産技術の開発：
近畿大学、上小漁業協同組合、長野県水試との連携で日長制御に基づく安価なアユ種苗生産技術の開発等に取り組む（運営費交付金）
・フナ類の個体群動態に関する研究：
地域特産のフナ資源減少を背景に、研究所の池・室内実験施設を活用し、その個体群動態や遺伝子交流メカニズムを調べることで、フナ類の共存機構を理解する（運営費交付金）
また、研究所は、大学改革に伴い設置を予定している理工系学部での利用を想定しています。現在のところ組織としては、所長（教授）1名、准教授1名、客員准教授1名、研究員1名、研究支援員4名、庁舎管理・技術補助1名、課長補佐1名の合計10名の所員で構成されています。
箱山 洋 所長（教授）
児玉紗希江 准教授
Leanne Faulks 研究員/客員准教授
Alessandra Cera 研究員
藤森宏佳 研究支援職員
岡本千晶 研究支援職員
Ishmerai Galang 研究支援職員
松井知美 研究支援職員
伊藤昌幸 臨時職員
小金澤たかね 課長補佐
旧メンバー：
占部城太郎 東北大学大学院生命科学研究科
阿部貴晃 東京大学大気海洋研究所
谷口昇志 農業・食品産業技術総合研究機構
Angel Faye Manwong Angeles University Foundation
Ayu Daryani SEAFDEC/IFRDMD
池谷道英 地域づくり総合センター
Yannick Rousseau
・千曲川再生に向けた河川生態学的研究：
生態学・情報科学と河川工学等を組み合わせた学際的アプローチで淡水生物学研究所に所属する研究者と河川管理者が、千曲川流域をフィールドとした学官共同研究を行い、今後の河川の整備や管理の高度化・合理化及び河川環境の向上に貢献する（国土交通省、河川砂防技術研究開発地域課題）
・水産資源調査・評価推進事業 (ニホンウナギユニット)：
ウナギ資源の動向把握・絶滅リスク・池入れ管理について、数理モデルを枠組みの中心に、漁獲量・集団遺伝・衛星タグ回遊調査をデータとして、管理手法の開発と分析を行う（水産庁事業費）
・シベリアチョウザメの完全養殖とキャビア生産に関する近畿大学との共同研究：
長野大学淡水生物学研究所の研究所施設の豊富な飼育水を利用して自然に近い飼育環境の下で成熟促進等の研究に取り組む（運営費交付金）
・アユ種苗生産技術の開発：
近畿大学、上小漁業協同組合、長野県水試との連携で日長制御に基づく安価なアユ種苗生産技術の開発等に取り組む（運営費交付金）
・フナ類の個体群動態に関する研究：
地域特産のフナ資源減少を背景に、研究所の池・室内実験施設を活用し、その個体群動態や遺伝子交流メカニズムを調べることで、フナ類の共存機構を理解する（運営費交付金）
また、研究所は、大学改革に伴い設置を予定している理工系学部での利用を想定しています。現在のところ組織としては、所長（教授）1名、准教授1名、客員准教授1名、研究員1名、研究支援員4名、庁舎管理・技術補助1名、課長補佐1名の合計10名の所員で構成されています。
箱山 洋 所長（教授）
児玉紗希江 准教授
Leanne Faulks 研究員/客員准教授
Alessandra Cera 研究員
藤森宏佳 研究支援職員
岡本千晶 研究支援職員
Ishmerai Galang 研究支援職員
松井知美 研究支援職員
伊藤昌幸 臨時職員
小金澤たかね 課長補佐
旧メンバー：
占部城太郎 東北大学大学院生命科学研究科
阿部貴晃 東京大学大気海洋研究所
谷口昇志 農業・食品産業技術総合研究機構
Angel Faye Manwong Angeles University Foundation
Ayu Daryani SEAFDEC/IFRDMD
池谷道英 地域づくり総合センター
Yannick Rousseau
