淡水生物学研究所では千曲川の河川水を取水して野外池などで活用しています。この用水は長野新幹線ハープ橋の下にある上田農水頭首工で取水し、隧道（暗渠）を通って名鉄の前で六ヶ村土地改良区、上田水道管理事務所、淡水生物学研究所にそれぞれ分配されています。自然の河川には泥や砂などが流れており、この隧道のなかにも自然に溜まってきてしまうことから、定期的に土砂出しをしなければいけません。2022年10月3１日、六ヶ村土地改良区が中心となって利水者（用水を利用する団体）で土砂出しの作業を行い、淡水生物学研究所からも2名が参加しました。隧道の中に住んでいる蝙蝠が、作業員に驚いて飛び出してきました！